一种微生物培养系统，该系统包括用于培养基加热、灭菌和微生物培养培养罐；水处理设备；加气搅拌设备和自动控制设备；其特征在于所述培养罐的加热设备位于罐体的底端，用于加热罐体内只有罐体体积三分之一到四分之一的培养基。本发明还公开了一种微生物培养方法，该方法的特征在于所述的微生物培养是在本发明的微生物培养设备中进行的。本发明的微生物培养系统和方法使培养基的加热灭菌过程转换为部分培养基的加热灭菌和水的无菌化处理两个过程，并将传统的机械搅拌改为循环加气搅拌，因此大大降低了能源和水的消耗。本发明的系统和方法适用于生产畜类、家禽或鱼类的饲料。