本发明涉及一种深水流流速测量系统，它包括一移动装置，其特征在于它还包括一固定架和一计算机，其分别设置在移动装置上；一A/D转换卡和一D/A转换卡，其分别插设在计算机的PCI插槽上；一交流伺服驱动器，其通过导线连接D/A转换卡；一交流伺服电机，其连接交流伺服驱动器；一编码器，其连接交流伺服驱动器和A/D转换卡，编码器将交流伺服电机位移的模拟信号通过A/D转换卡，送入计算机进行实时测控；一减速器，其输入端连接交流伺服电机的输出端；一垂直升降装置，其穿设在固定架上，且其输出端连接减速器的输出端；一探头，其连接在垂直升降装置的最底端，并通过电缆线连接A/D转换卡。本发明可以广泛用于海洋工程结构物的科学试验研究及水动力学的层流、紊流、边界流等水流的科学试验研究中。