一种便携牙刷杀菌器，包括：下部外壳，其一侧形成有可容纳杀菌装置的杀菌装置容纳区及电池容纳区，上部外壳，结合于下部外壳的上端，从上面向下方凹陷形成供牙刷容纳的容纳空间，容纳空间由牙刷头容纳区和牙刷杆容纳区构成，牙刷头容纳区供牙刷的牙刷头容纳，在侧面形成有紫外线入射口，牙刷杆容纳区位于牙刷头容纳区下方，供牙刷杆容纳，在上部外壳上面或外壁的某一侧形成有凸出孔，供按钮开关的一部分凸出插入；保护罩，安装于上部外壳的牙刷头容纳区并可取下，其一侧形成第2紫外线入射口，另一侧形成开放部，以便能够容纳牙刷杆；盖子，位于上部外壳的上方，可以转动打开关闭，并形成有向内侧按压按钮开关的按压凸起。