本发明公开一种黄芪药材及其提取物的指纹图谱质量检测方法。该方法用十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂；乙腈－水为流动相，进行梯度洗脱；取黄芪甲苷加甲醇溶解，作为参照品溶液；取黄芪药材粉碎，以甲醇为提取溶剂，回流提取，回收甲醇至干，残渣用水溶解，在以水饱和的正丁醇为提取溶剂，以氨试液除杂，待水饱和的正丁醇提取物挥干后，在残留物中加入甲醇溶解，取甲醇溶解作为黄芪药材指纹图谱检测供试液或取黄芪皂苷，加甲醇溶解，作为黄芪皂苷指纹图谱检测供试液；供试液指纹图谱检测，用高效液相色谱对黄芪药材指纹图谱检测供试液进行检测，得黄芪药材及其黄芪皂苷的指纹图谱；供试品指纹图谱应与标准指纹图谱有良好的相似性，相似度＞0.90。