本实用新型涉及一种克服磁道位置偏差的磁盘驱动器，包括一驱动中心轴，读/写磁头，磁头组件，位置偏差补偿器，磁盘，及印刷电路板。所述磁盘装设于中心轴上之前，物理磁道已经预先写好，一非易失性闪速存储器内存储一阵列，所述阵列根据预先写好的物理磁道与读/写磁头的交叉点设置一系列同心的虚拟磁道。在磁盘驱动器工作时，同心虚拟磁道可减小磁头组件的动作幅度，增加可接受的位置偏差容许量。磁盘物理磁道的预先写操作可提高磁盘驱动器运作的效率，还可降低对绝对无尘室的要求。