本实用新型涉及一种基于燃料电池的备用电源，包括电网电力输入、蓄电池组及其输出控制系统和若干燃料电池模块。燃料电池模块包括燃料电池主体及其辅助系统，燃料电池主体包括作为负极的燃料电极和作为正极的氧化剂电极以及位于燃料电极和氧化剂电极之间的电解质，辅助系统包括与燃料电池主体分别相连的反应剂供给系统、排热系统、排水系统、电性能控制系统及安全装置。本实用新型基于燃料电池的备用电源的优点和积极效果是：由于以燃料电池为主体，同时结合蓄电池组的优点，组合成为可持续供电的系统，其有电网供电、蓄电池组供电、燃料电池供电三种方式运行，成为高效的、环保的备用电源设备。