本实用新型公开了一种微生物培养器，其桶盖密封盖于双层桶体上，双层桶体的外桶壁与内桶壁之间设有一竖向隔离板，外桶壁与内桶壁之间的上部设有一圈封闭板，桶底、外桶壁、内桶壁、封闭板之间的空间为呼吸通道，外桶壁的底部开设有外通气孔与呼吸通道相连通，内桶壁的上部开设有内通气孔与呼吸通道相连通，该外通气孔、内通气孔位于竖向隔离板的相对两侧；将装有培养基的培养皿放到中间内桶中，微生物在繁殖过程中吸收氧气，放出二氧化碳，导致内桶内的空气二氧化碳、氧气浓度比例与外部的空气二氧化碳、氧气浓度比例不平衡，产生浓度差扩散，因该空气的交换是以扩散的方式进行的，不会产生紊流，空气中的微生物不易进入到培养皿内污染培养液，提高了微生物培养的安全性。