一种指纹安全存储U盘，包括：U盘壳体及其相连接的USB接口，在U盘壳体内的主板上装有控制器以及通过线路与其相连接的指纹传感器、存储装置，USB接口；其中，存储装置分成具有不同功能的三个区，主程序区：主要存放指纹识别程序，并采用指纹驱动内置和变页技术，使授权用户可方更快捷的进入用户使用空间；隐藏区：用户不可见，主要用来存放指纹特征点的信息，程序可运行，但不能被复制；私密区：是授权用户使用的空间，进入私密区进行存储和读取文件，必须进行指纹验证，存储或读取文件时，采用bit级拆分算法或反算，完成加密和解密过程，该实用新型具有多层保护功能，使存储的数据更加安全，使用更加方便、快捷。