一种双波长脉冲光纤激光系统，其特点是包括一段铒镱共掺大模面积的双包层光纤，该双包层光纤输出端面熔接一段磨抛成一定角度的空芯光纤的光纤帽，由多个带尾纤输出的激光二极管组成的泵浦光源，该泵浦光源通过泵浦耦合器将泵浦光耦合进所述的双包层光纤输入端的内包层，两垂直放置的第一种子光源和第二种子光源发出的种子光经45°双色片合成为一束，通过一光学耦合系统耦合入所述的双包层光纤输入端的纤芯，分别在所述的第一种子光源与所述的45°双色片之间、第二种子光源与45°双色片之间各放置一对应波长的第一光隔离器和第二光隔离器。本实用新型具有系统稳定、结构紧凑、泵浦效率高的特点，能够获得高能量、光束质量好的双波长脉冲激光输出。