本实用新型公开了一种电动自行车的电池组设结构，其装设于电动自行车货架与后轮之间并与座椅相邻，该电池组设结构包含一承载架、一导轨、一插头、一卡扣件及一电池，该承载架定位于该货架与后轮之间，该导轨装设于该承载架上而该插头及卡扣件分别装设于该导轨上，并用以组装该电池；将该电池组设结构装设于该货架与后轮之间，不但能够充分利用该电动自行车上未使用的空间，更不会妨碍该电动自行车原本既有的构件与功能，在该电动自行车倾倒或碰撞时，该电池组设结构也会受该货架的保护而不受损伤，而其中该导轨与该电池的滑轨配合，更使该电池在组装及拆卸上更为容易。