胶囊自动套合机套合机构，包括两组一一对应的沿设定圆周转动的套合孔板，每个套合孔板上开设有接纳端朝向设顶圆周之外的接纳孔，其中一个设定圆周在套合孔板转动的方向上依次设置有接纳位、对接位、套合位、出料位和清理位，在所述套合位处设置有挡块和对应的套合顶杆，在对接位与套合位之间设置有防落挡板，所述的清理位设置有清理顶杆；另一个设定圆周在套合孔板转动的方向上依次设置有接纳位和对接位，在其对接位处设置有对接顶杆；两个设定圆周上的对接位位于两设定圆周的中心连线上。本方案的两组套合孔板一一对应并沿设定圆周转动，从而可以保证两组套合孔板的动作一致性，而且可以通过齿轮传动，定位准确。