本实用新型涉及一种零序谐波滤波系统，其主要由电磁滤波器和单相有源滤波器组成，所述电磁滤波器同三相四线制电网的负载并联，所述单相有源滤波器串联在三相四线制电网中性线的电源侧。所述电磁滤波器由Zigzag变压器实现，所述单相有源滤波器由单相有源逆变器实现，所述有源滤波器设有检测单元和控制单元，检测电源侧中性线上的零序谐波、负载侧中性线上的基波和有源滤波器直流侧电压，生成控制有源滤波器开关的PWM驱动信号。本实用新型混合使用有源滤波器和电磁滤波器，有源滤波器用以改善电磁滤波器的滤波性能，一方面滤波效果显著，一方面降低了电磁滤波器的设计要求，另一方面有源滤波器的容量要求也大大减小，不仅可补偿谐波电压源型负载，也可以补偿谐波电流源负载，主要用在三相四线制的电力系统中。