一种高压灯管驱动系统，具有一开关电路、一变压器及多数个灯管，其中开关电路具有一交流输出端组可输出特定高、低准位的电压信号至该变压器；变压器具有成对的多数个绕线架及一磁芯组，各绕线架上设有一第一线圈及成对的多数个第二线圈，第一线圈电性连接交流输出端组，各第二线圈电性连接至少一灯管，磁芯组是具有二内磁通部及一外磁通部，二内磁通部设置于绕线架内，外磁通部设于绕线架之间。