本实用新型涉及一种电泳用毛细管注射清洗器，包括一对可扣合成一体的上下板，所述上板中部具有毛细管贯穿通孔，所述的下板中部对应设有用以承放密封垫块的槽孔，和自下而上穿至槽孔的注射针头及注射针头安装通孔，所述槽孔内安装有中部具有毛细管贯穿通孔且厚度大于槽孔高度的密封垫块，所述注射针头体内具有注液通孔，其前端头内径大于毛细管外径。该装置不仅有利于用户通过注射液对毛细管进行清洗，而且结构简单，装拆方便，性能良好，经久耐用。