本实用新型提供一种全自动磁珠操作平台，其包含：计算机、磁铁棒、搅拌棒套以及孔盘，该磁铁棒可套入于该搅拌棒套内，该全自动磁珠操作平台进一步包含导槽、加热条、导热块以及紫外光灯，该孔盘滑移于该导槽之间，而该计算机具有一触控式面板，用以控制该全自动磁珠操作平台运作。本实用新型可以满足任何使用者的不同的需求，使使用者有更自由的编辑空间，以编辑出更符合个人化的特殊需求程序，并且使操作接口更佳人性化，浅显易懂，并由窗口显示的信息与直接地触控操作，让使用者更融入操作平台的运作中，而且可以增加操作的精准度，还可以避免批次与批次之间的交叉污染。