本实用新型涉及一种外科用自动荷包缝合器，属于医疗器械技术领域。包括有夹座，在夹座上安装有钉仓，夹座末端连接有手柄连杆，两个夹座依靠手柄连杆交叉结合成剪刀状，其中：在上下两个钉仓上都至少设有一个缺口，即形成一对缺口，且成对的两个缺口所在的位置相一致；或是至少有一个钉仓上设有缺口。利用钉仓上所设有的缺口来配合宽度总是变化的组织，能很方便地使组织占满整个钉仓的表面，并同时确保没有组织溢出到钉仓上的止溢块外。也就是说，即便是针对一些特殊的手术位置，也同样可以使荷包钉正确成形，令扎荷包顺利完成。该技术方案实施效果好，对于提高肠道等生理组织外科手术质量非常有益。