本实用新型所涉及一种双通道冗余太阳能控制器，其包括充电控制电路、低电压保护电路、过电压保护电路、第一隔离器、充电电路、第二隔离器、短路保护电路以及太阳能电池；在充电电路与太阳能电池之间设置有用于与两个太阳能电池连接的复数个的冗余模块结构；所述的冗余模块结构是由多个二极管并联连接一起而构成的。当两块太阳能电池对蓄电池进行充电时，若其中一个太阳能电池出现故障，则冗余模块结构自动截止，另一太阳能电池即自动投入对蓄电池进行充电和负载供电，从而保证了供电的安全可靠性。同时，又由于两个二极管具有单向导电性，使得其可以有效防止两个太阳能电池的互为放电或者反向充电的现象发生。