本实用新型公开了一种全自动生物芯片检测系统，属于多标志物生物芯片的临床检测领域。该系统采用模块化结构，包括自动样品处理模块、反应洗涤模块、检测模块、Tip头存放模块、试剂存放模块、生物芯片存放模块、样品存放模块、系统底座、电控箱和计算机，在软件控制下操作电控箱和各模块，实现自动取样、加样、反应、洗涤、检测等过程。各模块可以独立工作，也可以组合起来配合工作。本实用新型克服了现有生物芯片检测仪的缺陷，减少了人为操作带来的误差，检测结果稳定可靠，灵活性好，不仅大大提高了检测效率，而且有利于检测结果的准确性，该系统操作简单，不仅适合实验室和医院的科研和应用，而且可用于大型医院和血站大规模的样品筛查。