本实用新型公开一种臭氧处理冷却循环水水质的微生物指标控制系统，用以进行冷却循环水系统水质的检测和控制，该控制系统包括：一采集装置，用以检测循环水的细菌总数和生物粘泥；一数据库，连接于采集装置，用以接收检测的细菌总数和生物粘泥数据，且该数据库具有该细菌总数和该生物粘泥的参考值；一臭氧浓度控制单元，连接于该数据库，用以比较该检测的细菌总数与其参考值，据以判断循环水的细菌状态，并根据判断结果，输出一臭氧控制信号至该臭氧发生器；以及一排放控制单元，连接于该数据库，用以比较该生物粘泥与其参考值，当生物粘泥超过其参考值时，输出一排放信号至该排放阀，使之打开排水。