本实用新型公开了一种肿瘤筛查蛋白芯片处理装置，是在可开启的上下盒内开设出有进液孔、沟槽和出液孔构成的进出流通液路，所述进出流通液路由密封圈加以密封与外界隔离。与本实用新型配合使用的蛋白芯片是由两塑料基片粘贴夹持的滤膜构成，塑料基片上开设有进液膜孔和出液膜孔，其中进液膜孔与滤膜对应并与上盒的进液孔相通，出液膜孔与上盒的出液孔相通。进液孔的外接管路上还设有由可编程的控制器的阀组，以便自动切换每个检查步骤所需溶液。本实用新型肿瘤筛查蛋白芯片处理装置，将原来需要多步反应的过程集成在一个开启的盒式装置中，通过可编程的控制器切换每步所需的溶液；本实用新型还可配置有对蛋白芯片进行原位检测的CCD等检测器件。