本实用新型公开了一种毛细管电泳－多光子激发荧光柱上检测仪，该检测仪包括半导体激光器、物镜、计算机、采集卡、光电倍增管、二向色镜、带通滤光片、全反射镜、铂电极、直流高压电源、第一、第二缓冲池和柱上检测器。柱上检测器采用特氟龙管，将方形毛细管和圆形毛细管连接起来，其中圆形毛细管用来分离(实验证明方形毛细管分离效果没有圆形的好)，而方形毛细管用于柱上检测。荧光柱上探测的方形毛细管与用于分离的圆形毛细管结合起来，实现柱上检测，不但简化了传统实验设备，降低实验设备成本，简化了复杂操作的柱后检测方式，而且提高了探测灵敏度。