一种用在全自动胶囊套合机上，能把其套合过程中未被套合的小端胶囊单独分拣出来的小端胶囊分拣机构，它包括一列A顶针、一列B顶针、A顶针架、B顶针架、一块运动的接料板，其特征是所述的一列A顶针和一列B顶针相向装置且顶针位置、数量互相匹配，接料板装置于A顶针架与B顶针架间的下方位置；所述的接料板上设置一列与顶针相对应的接料长槽，接料长槽贯穿接料板上两侧端面。本实用新型由于通过对A顶针、B顶针、接料板的巧妙设计，实现了对在套合过程中未被套合的小端胶囊进行有效的分拣，解决了在研发全自动胶囊套合机过程中小端胶囊难以单独分拣这一技术难题。