一种无菌水箱，该无菌水箱为内部装有柔性隔膜的容器，柔性隔膜将容器隔为上、下两个壳体，上壳体上方通大气，下壳体通水路，其特征在于：柔性隔膜设在无菌水箱的中部且其横截面与上、下壳体内壁的横截面形状以及尺寸相同并能与上壳体内腔壁和下壳体内腔壁完全贴合，同时上壳体内腔的高度与柔性隔膜的高度相等；上壳体上设带有带薄片和杠杆的触接式电开关；一种带无菌水箱的自动补水系统，包括有水泵、滤水系统、终端用户，其特征在于：还包括有所述无菌水箱。本实用新型所提供无菌水箱的有效容积利用率最大且使用寿命长，使无菌水箱更科学更实用；无菌水箱上方还有触接式电开关，则可以保证在水不足时水处理系统能够自动补充无菌水。