本实用新型提供一种消毒马桶，它包括马桶基座和马桶水箱，所述马桶水箱包括相邻的主水箱和消毒水箱，在所述主水箱和消毒水箱之间设置有消毒液进口，在所述主水箱内壁设置有消毒液进口密闭门，所述消毒液进口密闭门上端呈开启结构连接于所述消毒液进口上部，所述主水箱底部设置有冲刷水出口；所述消毒水箱内设置有消毒液加注装置；所述消毒水箱内设置有加水装置；所述主水箱内设置有加水及流量控制装置。该消毒马桶结构简单，构思巧妙，设计科学合理，可具有消毒杀菌功能，卫生安全，同时，加工制作简单，成本低。