本实用新型公开了一种节水双水流自动控制系统，包括控制器、坐便器水箱、废水收集箱、水泵以及电磁阀，控制器由信号检测单元、CPU以及驱动电路单元依次连接在一起构成，在坐便器水箱与废水收集箱内分别设置着液位传感器，液位传感器分别通过导线与控制器的信号检测单元相连；坐便器水箱的进水管通过三通接头分别连接着自来水管和废水收集箱的出水管，所说的水泵安装在该出水管上，水泵与三通接头之间的出水管上安装着出水单向阀，所说的电磁阀安装在自来水管上，水泵与电磁阀分别通过导线与控制器内的驱动电路单元相连。本实用新型结构简单，易于制造，能够有效利用生活废水冲洗坐便器，提高水资源利用率。