一种处理水体中的蓝藻的设备，包括压力容器；抽吸装置，用于从含蓝藻水体中将蓝藻与水的混合物抽入到压力容器中，从而利用压力容器内的正压使压力容器内的蓝藻体破裂而放出内部气核；和排放装置，用于将处理后的蓝藻与水的混合物排放到含蓝藻水体中。根据本实用新型的处理水体中的蓝藻的设备，采用物理学的方法清除水体中的蓝藻，技术简单，成本低，效率高，容易实施，不存在对水体的二次污染。