本实用新型公开了一种冷藏集装箱制冷机控制器，由可编程控制器和遥控器组成；可编程控制器，包括固定底座、护罩和线路板，线路板固定安装在固定底座上，护罩的两端由连接螺钉固定安装在固定底座上，使线路板置于护罩内，护罩的两侧分别设有与线路板连接的接线插排，线路板上设有可编程遥控接受器，分别通过导线与电路板上设有的公插和母插连接，可编程遥控接受器通过导线与电源连接；遥控器，包括壳体和天线，壳体内设有遥控控制发射器，壳体上设有除霜、制冷启动、制冷停止功能控制键。本实用新型解决了现有技术不能遥控指挥、操作不便的技术问题，通过接线插排上的接线孔与制冷机连接，使用时，通过遥控器壳体上的功能控制键即可指挥制冷机工作。