本实用新型涉及一种两段式反渗透过滤装置的渗透膜清洗系统，包括一级膜元件和二级膜元件，由设置于一级膜元件和二级膜元件两端的过滤水进水管、过滤水转接管和过滤水出水管组合形成用于通入被过滤水的第一水路，由设置于一级膜元件和二级膜元件两端的清洗液进水管、第一清洗液出水管及第二清洗液出水管组合形成用于通入清洗液的第二水路；其中，流经一级膜元件的第二水路与第一水路之液体的流向相反，流经二级膜元件的第二水路与第一水路之液体的流向相同。藉此，不但实现可将未被溶解的悬浮物经由其原来的流入处清洗掉，而且可将易溶解的污垢先行溶解再清洗掉。以达到更完全、更彻底的清洗效果。