本实用新型提供一种生物发酵连续制氢装置，包括原料液储罐，废液收集池，氢气储罐，其特征在于还包括分别与原料液储罐、废液收集池、氢气储罐相连的生物发酵反应器，且生物发酵反应器的壳体上设有进、出口，壳体内设有其内装有混合产氢微生物填充料、其底设有滤网的填充柱，填充柱下部设为进料口，上部设有氢气集气室。通过多级填充柱串联组成的生物发酵反应器，很好地解决了产氢的稳定性和持久性问题，同时提高了产氢原料的利用率和产氢效率，实现高效、连续、持久地产氢，本实用新型结构简单，运行可靠，操作方便，成本低，实用性强，具有很好的推广应用价值。