本实用新型涉及一种两格交替运行序批式生物膜反应器，包括反应器主体，连接在反应器主体底部的排泥系统、排水系统；所述的反应器主体内的填料池由隔板分隔成左半池和右半池，左曝气系统的左曝气头置于左半池的下方，右曝气系统的右曝气头置于右半池的下方；所述的隔板下方的流体中设有推流器；反应器主体的上方设有与左半池对应的左进水口以及与右半池对应的右进水口，所述的左、右进水口分别与左进水系统及右进水系统连接。本实用新型的有益效果为：(1)能形成保存内碳源所需的缺氧环境，以内碳源作为反硝化的电子供体，可提高脱氮效率；(2)好氧阶段，整个反应器处于微氧状态，能实现同步硝化反硝化；(3)有利于提高生物活性。