本实用新型公开了一种可以自动搅拌发酵的生物厕所，包括生物反应器，生物反应器下方设有水箱，水箱内设有电热装置，生物反应器内设有搅拌装置，生物反应器外部设有电机，电机与搅拌装置配合，设有感应开关，电机接入感应开关。感应开关感应到使用者离开厕所后自动开启电机带动搅拌装置工作，一般可根据需要设置工作时间，避免在不需要搅拌时，搅拌装置工作反而造成浪费。本实用新型利用水箱对生物反应器内的填料加热效果明显改善，主要是受热均匀，利于生物反应器内微生物的生长和发酵过程，还增加了可控制搅拌装置的感应开关，实现了自动搅拌。