本实用新型公开了一种应用在水处理中的紫外灯管自动清洗系统。系统包括有刮擦机构、固定架、压缩机和控制箱，刮擦机构进一步包括有活塞、驱动杆、连杆和擦洗装置，其中，控制箱还包括控制开关、设定按钮和主控模块，其中，主控模块进一步包括有：主控芯片、时间设定单元、储存单元、时间检测单元、比较判断单元、去程控制单元以及回程控制单元。本实用新型通过设定清洗机构往复运动的时间来控制其行程，既不需要信号传输导线，也不需要有形的实物开关，减少了设备外围器件数量、也减少了控制电路的工作环节、简化了生产制作工艺以及避免考虑布线的问题，有效地解决了现有控制方法的缺点并提高了清洗系统工作的可靠性。