本实用新型涉及一种微生物保水复合有机肥生产系统，特征是所述的有机肥基料预制装置和保水剂备料装置由输送带连接于复合肥混合制粒装置后再连接微生物外喷涂加工装置，微生物备料装置通过输送管道连接微生物外喷涂加工装置，微生物外喷涂加工装置由复合肥成品输送带连接成品计量包装与检测装置。优点是把有机肥基料、植物生长保水剂和微生物肥料菌种经过生产系统的加工，合成为一种优质、高效、多功能的新型复合有机肥。