本实用新型是有关于一种计算机系统及其主板结构，计算机系统中的主板结构特色为主板本体上的主电源输入接头、电压转换电路及电源输出接头，主电源输入接头、电压转换电路及电源输出接头相互导接，其中主电源输入接头连接一电源供应单元，并由电源供应单元接收一单一电压的电源，电压转换电路转换单一电压的电源为多种不同电压的电源后，由各电源输出接头输出特定电压的电源至不同磁盘驱动器装置，如此，该计算机系统及其主板结构有助简化线材、提升电源供应单元的质量及寿命。