一种重大传染病疫情流行病学应急指挥及分析平台，由通过网络信号连接的中心指挥部装置、移动指挥装置和多台现场终端装置组成，装置中均装设有统一的功能模块；所述功能模块包括数据采集单元、数据管理单元、数据存储单元、数据分析单元、辅助诊断单元和结果输出单元，通过数据管理单元实现装置间的数据汇总与交换。本实用新型将多台现场终端装置、移动指挥装置和中心指挥装置通过网络或超短波技术互相连接则形成具有三级协同的具有疫情现场流行病学调查及智能分析功能和应急指挥及分析功能的一套系统平台，可用于较大规模、多点爆发事件应急调查、指挥与分析。