本实用新型是有关于一种改良的磁垫鞋底结构，包括：一鞋底层；一鞋垫本体，位于该鞋底层上方并在鞋跟部位具有一凹槽；一磁垫结构，位于该鞋垫本体的该凹槽中，该磁垫结构具有依序叠合的一第一磁性体、一间隔层及一第二磁性体，其中该第一磁性体与该第二磁性体以同极性相向配置；该第一及第二磁体为一矩形扁平体，该矩形扁平体的矩形表面的长宽比约为一比四；一泡棉层，位于该鞋垫本体上方，该泡棉层与该鞋垫本体配合将该磁垫结构包夹于其中；一鞋垫层，位于该泡棉层上方而与足部直接接触。藉此，本实用新型给予使用者足部舒适的柔软度并能增加使用者跳跃的能力。