本实用新型涉及一种具有磁浮式驱动装置的灭菌设备，其包括：一锅炉，其具有一外锅与一位于所述外锅内的内锅；一设于所述内锅的磁浮式驱动装置，所述磁浮式驱动装置具有一轴部伸入所述内锅；一扰动件，具有一本体与至少一从所述本体向外延伸形成的叶片；所述本体具有一定位部，所述定位部容设所述轴部，且所述本体与所述磁浮式驱动装置之间具有间隙。由此，本实用新型能够防止机油或机件碎屑进入锅炉内，进而克服锅炉内形成污染物的问题，具有防止培养液在灭菌过程中受到污染的优点。