本实用新型关于一种水产养殖饲料除菌装置，包括有外套管，是一中空管体；中空心管，设置于所述外套管内部，其外壁与外套管的内壁间保持有一定的间距，管体上间隔的设置有复数电击棒；中空内管，设置于所述中空心管内部，其两端并由外套管穿出，在管壁上对应中空心管的电击棒设置有穿孔，当含水份的水产养殖饲料由中空内管输入后，饲料的水份部分会流通于中空内管及中空心管间，而饲料的固体部分则仅滞留于中空内管中，利用中空心管的电击棒提供电流来进行饲料的除菌，因此可以有效的将养殖饲料中所存在的病毒菌去除，以避免水产品食用有害饲料而产生病变或死亡的情况发生。