本实用新型涉及一种指纹认证方法，具体说是一种自注册嵌入式指纹认证方法。该方法涉及的装置由指纹采集模块、计算机终端和指纹数据库组成。其中，计算机终端包含指纹系统授权模块、指纹采集模块、指纹数据比对模块、指纹数据同步更新模块、应用软件注册模块、应用软件消息通讯模块；指纹数据库包含指纹数据接收模块和指纹数据下发模块。设计的方法可以有效地将成熟的指纹识别技术变成为一个独立的认证模块方便地嵌入到任意一个软件系统中，成为任意一个软件系统的身份认证的手段，解决了指纹识别系统的重复利用的问题，同时，采用指纹认证也可以提高应用软件的安全性。