一种高速数据传输接口系统，包括1个主设备接口装置和若干个从设备接口装置，每个设备均采用一片FPGA芯片作为CPRI协议处理芯片，一单片机作为CPRI协议处理器的监控器。光电转换器连接到FPGA芯片的串并转换器引脚，FPGA的时钟信号采用时钟管理芯片提供，时钟管理芯片使用一颗有源晶体振荡器作为时钟源，并有2个时钟相位参考输入端，根据CPRI协议处理器提供的设备接口是主模式还是从模式而使用相应的参考输入端。REC模式使用另一个有源晶振作为时钟相位参考，RE模式使用CPRI协议处理器提供的一个时钟信号。各接口装置通过光纤连接。本实用新型的优点在于：不仅提供一个相对灵活的I/Q数据传输接口，方便和各种DDC/DUC数字信号处理器连接，且有效降低使用成本。