本发明提供了一种生物肥料全自动生产系统，包括一自动配料设备，一设置在自动配料设备下方的主皮带运输机，一设置在主皮带运输机前端的斗式提升机，一与斗式提升机连接的气动分料器，一与气动分料器相连的发酵装置和双螺旋混合机，一设置在发酵装置前端的造粒机，一设置在造粒机前端的自动称重包装装置，一设置在自动称重包装装置前端的整袋装置，一设置在整袋装置前端的检测装置，一设置在检测装置前端的喷墨打印机，一设置在喷墨打印机前端的机器人码垛机。本发明优点如下：整套系统只需配置2-3个管理人员，人为干预少，自动化程度高，可以大大提高生产效率，降低生产成本；可以提高肥料的利用率，减少占地面积及前期的购地投入。