本发明公开了一种自动探空系统，其包括箱体，设置在箱体内的气球、探空仪，充气装置及控制器；充气装置包括高压气瓶，气体流量计，电磁阀，设置在高压气瓶与电磁阀之间的进气管，设置在电磁阀与气球之间的充气管；气体流量计设置在进气管上，其通过流量信号线与控制器连接，电磁阀通过控制线与控制器连接，控制器通过气体流量计的反馈控制电磁阀的开启与关闭，即而控制探空仪的升空。本发明提供的自动探空系统，其结构简单、小巧，可安装在船载或车载等移动平台上用于探测大气特性，其巧妙的利用的气球的充气膨胀，将探空仪器自动升空至指定区域，自动完成相应的高空探测及数据采集，节省人工成本，具有良好的应用前景。