本发明涉及一种防止发电机组进水球阀工作密封自动退出的控制机构及其使用方法，包括与压力截止阀相连接的主操作阀和检修密封锁闭阀，主操作阀与接力器装置、关阀相连接，关阀依次经事故关阀、机械信号过速阀与开阀相连接，开阀经工作密封锁闭阀与检修密封锁闭阀相连接，位于工作密封锁闭阀与检修密封锁闭阀之间并联有与旁通针阀相连接的平压控制阀，旁通针阀设置于旁通管路上，旁通管路上设置有检修针阀，检修针阀与开启控制阀相连接，进水球阀的检修密封连接有工作密封控制阀，工作密封连接有检修密封控制阀，工作密封控制阀和检修密封控制阀分别与由接力器装置控制的工作检修密封锁闭阀相连接。可以确保发电机组及进水球阀系统安全可靠运行。