包含具有高分子量(HMW)DNA的颗粒的样品被截留在凝胶基质中，并且凝胶基质暴露于配置为从颗粒释放HMW DNA的裂解试剂。HMW DNA可以通过以下而被纯化：使凝胶基质经受从凝胶基质中除去来自颗粒的HMW DNA、裂解试剂和/或其他样品成分的电泳场，使得HMW DNA保留。凝胶基质可以经受DNA裂解酶试剂，该裂解酶被配置为在HMW DNA内的特定DNA序列处进行裂解以释放DNA的确定的区段作为尺寸减小的片段。凝胶基质也可以经受电泳场，其移动并分离来自HMW DNA的未裂解的DNA的DNA片段，所述未裂解的DNA基本保持不动。电泳分离的DNA片段可以从凝胶基质中分离。