本发明一种基于微流控芯片的三维类脑发育模型的构建方法，主要步骤为：微流控芯片的制备；拟胚体EBs的形成；类脑在微流控芯片中的分化和发育。本发明构建的一种新型的工程化的三维类脑发育模型，是一种基于微流控芯片技术的可灌流的微反应器。本发明是将体内脑发育的基本原理和工程化技术结合，更好地模拟了脑早期发育的微环境。本发明具有成本低、操作简单、试剂用量少、可原位追踪和实时监测等优点，可替代动物模型和传统的二维培养方式，在一定程度上模拟脑早期的发育，为体外模拟脑发育、神经发育异常的病理学研究、药物筛选和毒性检测等方面提供了一个强有力的新平台。