本发明涉及生态水力学领域。目的是提出一种跑道式鱼箱鱼类排泄物收集装置及方法；该装置和方法应能实现不同鱼类在不同生长周期的排泄物收集，并具有操作简单、适用性较广等特点。技术方案是：一种跑道式鱼箱鱼类排泄物收集装置，其特征在于该装置包括养殖单元、导流单元以及收集单元；所述的养殖单元包括若干个跑道式鱼箱和若干个驱动鱼箱内水流的水泵；所述的导流单元包括由一号挡水墙、二号挡水墙及斜坡组成的导流槽，以及由一号挡板、二号挡板及三号挡板组成的环流槽；所述的收集单元包括集污漏斗箱、纳污箱、输污管、排水泵、输水管。另外，本发明还提供了利用跑道式鱼箱鱼类排泄物收集装置进行鱼类排泄物收集的方法。