本发明涉及水文水利工程领域，更具体地，涉及一种变异环境下河网区设计洪水位计算方法。包括以下步骤：S1.采集并提取网河区不同位置站点的年最大洪潮水位数据；S2.根据网河区各站洪潮水位序列统计特征进行分区；S3.基于S2步骤的分区结果进行站点特征分布识别；S4.基于主要环境影响要素进行特定分区站点的设计洪水位计算分析。本发明提供的一种变异环境下河网区设计洪水位计算方法，充分考虑了网河区复杂的河道影响及环境变化作用，可提高设计洪水位计算精度，可广泛应用于水文统计计算中。