公开了用于对多租户服务器环境的诸如FPGA等可重新配置逻辑器件进行编程的方法和装置。在一个示例中，计算主机包括：被配置为执行管理员进程和两个或更多个用户进程的一个或多个处理器，和被配置为多个分区的单个FPGA集成电路。分区包括：主机逻辑分区，其仅可由在计算主机上执行的管理员进程访问；和两个或更多个加速器分区。各加速器分区被配置为包括具有逻辑分析器的虚拟调试单元，该逻辑分析器收集由相应加速器分区内的逻辑生成的逻辑信号并且将指示逻辑信号的值的调试数据发送到用户进程之一。在一些示例中，主机逻辑分区和/或加速器分区可以在单个FPGA的它们各自的部分内彼此独立地重新编程。