本发明是关于一种牙科治疗系统的自动消毒整合设备，其包含进水管，与进水管连接的混药装置，与混药装置连接的出水管，以及与出水管连接的牙科治疗装置；其中，该混药装置包括储药单元，与进水管、储药单元、出水管连接的混药单元，以及与进水管、储药单元连接的控制单元；通过混药装置将水源经自动控制消毒后输送至牙科治疗装置，以此医疗人员及病患可直接获得经消毒后干净而且安全的水，还可避免牙科治疗装置的管路形成生物膜进而导致仪器效能降低的可能。