本发明公开了一种同时检测瓜类细菌性果斑病菌和角斑病菌的方法及其专用试剂盒，该方法包括如下步骤：以待测样品为模板，采用试剂盒进行PCR扩增，得到反应产物；读取反应产物的荧光信号，然后判断待测样品中是否含有瓜类细菌性果斑病菌和/或角斑病菌。试剂盒包括引物对组合，组成引物对组合的4条引物的核苷酸序列依次如序列表中序列3至序列6所示。实验证明，在LGC分子检测平台上，采用本发明提供的试剂盒可以高通量快速检测瓜类种子上是否携带瓜类细菌性果斑病菌和/或角斑病菌，可作为防控感染种子流转的预防技术，也可作为田间种植阶段的病害监测预警技术，为农业生产及口岸检疫提供了一种快速、准确的检测方法。